在2012年12月发布的《中国学术期刊影响因子年报（自然科学与工程技术•2012版）》上，复旦大学附属华山医院主办的《中国感染与化疗杂志》复合影响因子达2.138，创历年来新高，在96种内科学统计来源期刊中排名第1位，同时，在国内所有医药类期刊（分类R-R9）中也是复合影响因子最高者。另据最新发布的《2012年版中国科技期刊引证报告（扩刊版）》和《2012年版中国科技期刊引证报告（核心版）》显示，《中国感染与化疗杂志》期刊影响因子分别为2.679和2.082，在临床医学类杂志中排位第一。创刊于2001年的《中国感染与化疗杂志》影响因子不断提高，显示出其学术影响力不断提高。
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